Het kerkgebouw in de stad is al oud. Toen de stad in 1392 op bevel van Willem van Gullik meer naar het noorden werd geplaatst en ommuurd, was er ook behoefte om binnen de stad te kunnen kerken. Op 18 juni 1397 ontving men van de bisschop van Utrecht, Fredericus van Blankenheim, toestemming voor de bouw. De kerk werd gewijd aan Sint Nicolaas, de beschermheilige van de zeelieden – vandaar de oude naam St. Nicolaaskerk.

Het zal geen solide gebouw zijn geweest, want in 1440 besluit men al tot een grondige verbouwing.

Van de toenmalige bisschop van Utrecht, Rudolf van Diepholt, ontving men in 1448 toestemming tot herbouw van de kerk. Over de aard en de volgorde van de werkzaamheden bestaan nogal wat meningsverschillen. Wel is zeker, dat de beide transepten (de noord- en de zuidarm) en de sacristie later zijn aangebouwd. Zo ontstond de kruiskerkvorm naar het voorbeeld van de Romeinse basilieken.De financiering van de kerk zal ongetwijfeld door de vele schenkingen bij leven of bij testament in de vorm van landerijen, huizen, geld enzovoort tot stand zijn gekomen. Ook verleende de bisschop 40 dagen aflaat aan een ieder die een bijdrage leverde aan de bouw en inrichting van de kerk. Daar werd kennelijk wel gebruik van gemaakt. Altaren werden geplaatst, kaarsenkronen voor de verlichting geschonken, schilderingen tegen plafond en pijlers aangebracht, de klok werd opgehangen, enzovoort.

Aan het eind van de middeleeuwen had Elburg een bloeiend kerkelijk leven. Dit veranderde in het begin van de zestiende eeuw toen de ideeën van Maarten Luther ook in de Nederlanden doordrongen. In september 1566 werd tijdens de beeldenstorm het interieur van de kerk van alle luister ontdaan. Alleen de muur- en gewelfschilderingen bleven tot 1797 gespaard. Ook tijdens de bezetting van Elburg door vreemde troepen o.a. in 1672 werden vernielingen in de kerk gepleegd. Tijdens de Franse revolutie werd in 1795 door een troep Engelsen het interieur van de kerk geheel vernield. Een rapport van 30 mei 1795 vermeldt onder meer het muurwerk uytgebrand, de zarken geschonden, de preekstoel en de meeste banken, stoelen, wapenborden en schilden verbrand, het orgel geruïneerd, de voornaamste pijpen in stukken geslagen.

Steeds weer moest de schade worden hersteld. De kwaliteit van het orgel was er bepaald niet op vooruitgegaan. In 1821 werd na een lange periode van overleg aan de Duitse orgelbouwer G.H. Quellhorst opdracht gegeven een nieuw orgel te bouwen. Op 11 april 1825 was de oplevering van het monumentale orgel. In 1838 werd t.b.v. het onderwijzend personeel en de leerlingen van het instituut Van Kinsbergen aan de noordzijde van de kerk een gaanderij aangebracht. In 1889 sloot men het koor af door een raam, dit in verband met de hoge stookkosten. Ook de beide transepten werden met houten schotten afgesloten.

Tussen 1970 en 1975 kreeg de kerk een grondige opknapbeurt. Zowel van binnen als van buiten werd er gerestaureerd. In 2001 is het orgel grondig gerestaureerd. Tevens werd in dat jaar de aula naast het HKC in gebruik genomen. Meer gegevens over de kerk en de kerkelijke gemeente kunt u lezen in de uitgaven van de Oudheidkundige Vereniging, verkrijgbaar in de boekhandel hier ter plaatse.

Het gebruik van kerkzegels gaat terug tot de Middeleeuwen. Zij dienden als teken van bekrachtiging, tot verzekering van echtheid, danwel als naamteken ter herkenning. In de eerste Protestantse Synode in ons land (1578) werden de hervormde gemeenten gewezen op het belang van een eigen kerkzegel. Dit belang werd nog eens onderstreept middels een Koninklijk Besluit van 4 maart 1817 door Koning Willem I.

In de 18e en 19e eeuw werden relatief weinig nieuwe kerkzegels ontworpen. Kerkelijke gemeenten, die niet over een eigen zegel beschikten vielen vaak terug op het zegel van de burgerlijke gemeente. In de 20 e eeuw herleefde het kerkzegel, maar nu vooral om de geschiedenis of het karakter of andere aspecten van de kerkelijke gemeenten tot uitdrukking te brengen.

(Inleidende tekst overgenomen uit het boek ‘Als een lelie onder de doornen’, een beschrijving van de kerkzegels van de Nederlandse Hervormde Kerk.)

Het kerkzegel van de Sint Nicolaaskerk te Elburg bestaat uit een vleugelaltaar, met een gebeeldhouwde kast, waarvan de geopende vleugeldeuren met beeldwerk zijn versierd. Aan de linkerkant is Christus als herder afgebeeld, aan de rechterkant het kruis. In het midden hangt de eeuwige lamp met daaronder de drie traptreden. Het randschrift is: ‘Sigillum ecclesiac elburgiensis donec dies illvcescat’. Dit betekent: ‘Zegel van de kerk van Elburg totdat de dag aanbreekt’.