Jan Willem Nelleke kreeg zijn opleiding aan de conservatoria van Den Haag en Utrecht bij respectievelijk Else Krijgsman en Thom Bollen. Daarnaast volgde hij lessen bij o.a. Jörg Demus, Helmut Deutsch, Naum Grubert en Rudolf Jansen. Hij is een veelzijdig musicus die op veel gebieden actief is. Als solist gaat zijn belangstelling vooral uit naar minder bekende muziek, waarbij hij uitstapjes naar lichtere stijlen en andere instrumenten – als harmonium en synthesizer – niet schuwt. Hij heeft vele nieuwe werken in première gebracht, waarvan er verscheidene aan hem zijn opgedragen.
Jan Willem Nelleke is een veelgevraagd begeleider – met name liedbegeleider – en heeft samengewerkt met musici als Philippa Davies (fluit), Wout Oosterkamp, Bettina Smith en Frans Huijts (zang), Janine Jansen (viool), Michael Collins (klarinet), Jacob Slagter (hoorn) enz. Met hen heeft hij concerten gegeven door vrijwel geheel Europa en ook daarbuiten. Hij is een regelmatige gast op internationale festivals zoals het Delft Chamber Music Festival.
Zijn interesse voor muziek houdt niet op bij het uitvoeren ervan; hij componeerde reeds een grote hoeveelheid liederen en kamermuziek. Zijn vele arrangementen worden regelmatig gespeeld.
Als docent is Jan Willem Nelleke werkzaam aan het Koninklijk Conservatorium in Den Haag. Tevens is hij als pianodocent verbonden aan de liedinterpretatie-cursussen van het Oostenrijkse ‘Franz Schubert Institut’, naast o.a. de leraren Elly Ameling, Robert Holl en Robert Tear. Binnenkort verschijnt er een nieuwe CD waarop hij Bettina Smith begeleidt in liederen van Fauré, o.a. met La Bonne Chanson en Mirages. Een Haydn opname op een kopie van een vroege fortepiano van Paul McNulty is te zien en te horen op http://www.jwnelleke.nl/master/04-haydn.htm , met een lezenswaardig essay.