Pieter-Jan Belder studeerde blokfluit en klavecimbel aan de conservatoria van Den Haag en Amsterdam. In 1990 behaalde hij voor beide instrumenten het diploma Uit­voerend Musi­cus. Sindsdien treedt hij veelvul­dig op in binnen- en buitenland. Vanaf 1989 was hij vaste medewerker van het Radio Kamer Orkest waar hij werkte o.l.v. onder andere Frans Brüggen, Ton Koopman, Roy Goodman, Kenneth Montgomery en Philippe Herreweghe. Daar­naast is hij als continuospeler ac­tief in diverse ensem­bles, waa­ronder de Nederlandse Bachver­eni­ging, het Orkest van de 18^e Eeuw en zijn eigen ensemble Musica Amphion. Verder begeleidde hij solisten als Johannette Zomer, Peter Kooij, Rémy Baudet, Nico van der Meel, Sigiswald Kuyken, Harry van der Kamp, Rainer Zipperling, Wilbert Hazelzet en Saskia Coolen.

Vanaf 1991 maakte Belder meer dan 140 Cd-opnames waarmee hij internationale erkenning en bekendheid als klavecinist verwierf. Zo werkte hij mee aan een complete editie van alle Bach klavecimbelwerken (13 cd’s). Deze succesvolle opnames werden gevolgd door een opname met het complete klavecimbel oeuvre van Domenico Scarlatti (36 cd’s), klavierwerken van Soler (8 cd’s) en Rameau (3 cd’s). Met Musica Amphion realiseerde hij eveneens grote projecten, zoals de cd-opname van het complete oeuvre van Corelli, Telemanns Tafelmusik, Bachs Brandenburgse Concerten en klavecimbelconcerten. Tevens verscheen er een cd-opname met de complete kamermuziek van Henry Purcell.

Momenteel werkt hij aan de complete opnames van het Fitzwilliam Virginalbook, klavierwerken van J.S. Bach en Dandrieu

Tevens was hij de initiator van een meerjarig project ‘Bach Contextueel’, een samenwerking van Musica Amphion en het Gesualdo Consort Amsterdam. Het doel van dit project was om middels concerten en cd-opnames de cantates en orgelwerken van J.S. Bach thematisch met elkaar in verband te brengen. Verder besteedden zij hiermee aandacht aan de functie van het kerkorgel als continuo instrument naast het klavecimbel en werden de cantates in principe enkel bezet uitgevoerd.

Sinds 2005 is hij als dirigent van Musica Amphion regelmatig te gast in het Concertgebouw te Amsterdam. Hij voerde daar in 2011 o.a. Purcells Dido & Aeneas uit met Sarah Connolly en Collegium Vocale Gent. In 2012 dirigeerde hij Musica Amphion en Collegium Vocale Gent in een Handel- en Vivaldi programma, eveneens in het Amsterdamse Concertgebouw.

Sinds 2015 werkt Belder intensief samen met de Japanse violiste Rie Kimura in een vast kamermuziek duo. Hun opname met alle vioolwerken van C.P.E. Bach werd door de Volkskrant verkozen tot een van de 50 beste CD producties van 2017.

In 1997 was Belder prijswinnaar van de NDR-Musikpreis 1997 te Hamburg.

In 2000 werd hij winnaar van het Internationale Bachwettbewerb Leipzig.

Pieter-Jan Belder doceert oude muziek aan de Musikhochule Lübeck

2020